يقع في حي السيدة زينب بالقاهرة حيث أخذ الحي اسمه منصاحبة المقام الموجود في داخل المسجد، وهو يتوسط الحي ويعرف الميدان المقابل للمسجد أيضا بميدان السيدة زينب.

المشهور أن المسجد مبنى فوق قبر السيدة زينب علي بن أبي طالب وأخت الحسن والحسين حيث يروي بعض المؤخرين أن زينب رحلت إلى مصر بعد معرك كربلاء ببضعة أشهر واستقرت بها 9 أشهر ثم ماتت ودفنت حيث المشهد الآن، ويعتبره الكثيرون من أهم المزارات الإسلامية بمصر.

يروى أن المسجد بني على قبر السيدة زينب من عام 85 هجرياً وورد ذكر المشهد ووصفه عند الكثير من الرحالة منهم على سبيل المثال الكوهيني الأندلسي الذي دخل مصر في عصر المعز لدين الله الفاطمي ووصف أن الخليفة المعز هومن أمر باعمار المسجد وبناه ونقش على قبته ومدخه.

وفي القرن العاشر الهجري أعاد تعمبيره وتشييده الأمير عبد الرحمن كتخدا القازوغلي وبنى مقام الشيخ العتريس الموجود الآن خارج المسجد ونقش على المقصورة "يا سيدة زينب يا بنت فاطمة الزهراء مددك".واهتمت أسرة محمد علي باشا بالمسجد اهتماما بالغا وتم تجديد المسجد عدة مرات.وفي العصر الحالي تمت توسعة المسجد لتتضاعف مساحته تقريبا.

‍

‍